Memasuki babak kedua, Indonesia sukses menggandakan keunggulan pada menit ke-23 setelah kesalahan antisipasi Motoishi berujung gol bunuh diri yang mengubah skor menjadi 2-0.
Tekanan Jepang akhirnya membuahkan hasil pada menit ke-31 lewat tendangan Motoishi yang memperkecil ketertinggalan menjadi 1-2. Empat menit berselang, Shimizu sukses menyamakan kedudukan menjadi 2-2.
Laga semakin panas ketika Indonesia kembali unggul pada menit ke-39 melalui tendangan keras Firman Ardiansyah hasil umpan Samuel Eko.
Namun drama belum berakhir. Jepang menerapkan skema power play dan mendapatkan penalti di menit terakhir waktu normal. Shimizu sukses mengeksekusinya sehingga skor berubah menjadi 3-3 dan memaksa laga berlanjut ke babak tambahan.
Pada extra time babak pertama, Indonesia kembali memimpin lewat gol Reza Gunawan yang memanfaatkan kelengahan lini belakang Jepang.
