Kenyataannya saat terpilih sebagai Presiden periode 2004-2009, SBY tidak menjalankan program yang diajukan Surya Paloh. Hal ini membuat Surya Paloh kecewa dan memilih menjauh dari Presiden RI ke-6 tersebut.
Ketegangan keduanya kembali terlihat pada Pilpres 2009. Saat itu, Paloh yang masih bergabung dengan Golkar malah mendukung penuh pasangan capres-cawapres Jusuf Kalla dan Wiranto, ketimbang SBY dan Boediono.
Pada akhirnya, Paloh tetap tidak ingin lagi berurusan dengan SBY, meski nama terakhir kembali terpilih sebagai presiden untuk periode kedua.
Sejak Partai NasDem terbentuk pada tahun 2011, hubungan Paloh dan SBY juga semakin renggang. Dua periode Pilpres tahun 2014 dan 2019, Paloh selalu membawa NasDem untuk mendukung Jokowi.
Kendati demikian, hubungan SBY dan Paloh mulai membaik pada tahun 2022. Ini setelag keduanya melakukan kerjasama, dan saling bertemu di markas NasDem pada Minggu 5 Juni 2022.
