Meski gagal di Piala AFF 2024, Shin dinilai sukses membangun fondasi kuat dan membawa harapan bahwa Indonesia bisa menembus Piala Dunia. Ia bahkan memulai perjuangan dari putaran pertama kualifikasi bersama negara-negara seperti Maladewa, Guam, dan Brunei.
Setelah menyingkirkan Brunei dengan agregat 12–0, Indonesia lolos ke putaran kedua dan menempati posisi kedua Grup F di bawah Irak cukup untuk melaju ke putaran ketiga.
Di fase itu, Indonesia bergabung dengan Jepang, Australia, Arab Saudi, China, dan Bahrain, lalu mengumpulkan enam poin dari enam laga (tiga kali seri, dua kali kalah, dan satu kemenangan).
Namun di tengah momentum itu, PSSI mengumumkan berakhirnya kerja sama dengan Shin dan menunjuk Patrick Kluivert, mantan legenda Belanda, untuk menggantikannya.
“Beberapa pelatih dunia ingin punya legacy, menjadi bagian sejarah Indonesia menuju Piala Dunia 2026,” kata Ketua Umum PSSI Erick Thohir saat memperkenalkan Kluivert pada 12 Januari 2025.